El estado de conservación del inmueble es bueno, pero en la cubierta sobre el atrio de entrada a la iglesia por el sur, se ha roto una viga, se ha hundido y ha arruinado una zona de la cubierta. El agua ha entrado en el atrio y en el interior de la iglesia. En esa zona las bóvedas son de piedra y no hay problemas estructurales.
La cubierta está formada por vigas de madera que apoyan en el muro del atrio y en dos vigas: una intermedia apoyada sobre un levante de adobe y otra que hace las veces de durmiente en el encuentro con la nave románica de la iglesia. Sobre las vigas, se encuentra la tabla de madera, y encima la teja árabe tanto de canal como de cobija. Hay mucha suciedad en esa zona, tanto de material de desescombro, como de tejas caídas, y piedras que se han puesto para sujetar las tejas, debido al abundante viento que hay en esa zona.
El resto de la cubierta no presentaba buen estado de conservación ,tenía mucho material de desescombro entre las tejas y la tabla y la estructura de madera tiene mucha flecha en las zonas de mayor luz. Tenía mucha suciedad y algo de vegetación. Las intervenciones en esta cubierta han sido siempre puntuales y remiendos, por lo que no se encuentra en buen estado.
Se desmontó toda la cubierta y se montó una nueva de similares características, con madera de abeto douglas C-18. La cubierta nueva consta de tres vigas de madera de pino: una de durmiente en el alero, otra apoyada sobre los muros de piedra, pasando por encima del levante de adobe, y otra de durmiente en el encuentro con la nave de la iglesia, y apoyados sobre éstas, los pares de madera. Sobre los pares se colocó la tabla de madera de pino, de 30cm. de ancho y sin biselar y encima una lámina impermeable transpirable, y luego sobre rastreles de madera se colocará teja curva con tacón color pajizo en las canales y en las cobijas. Entre las canales se colocó un tercer rastrel para sujetar la teja cobija con espuma especial para tejas, tratando de evitar que el viento las levante. Se colocó un canalón de cobre y una bajante de cobre. El remate con los muros se hace con laja (en las zonas que hay laja actualmente) y en el encuentro con la nave de la iglesia se colocó un remate de plomo.
